因凡那比颱風來襲夾帶狂風豪雨，造成本縣多鄉鎮嚴重淹水，因淹水災情嚴重恐造成環境潮濕容易孳生病菌及蚊蟲，恐有引發傳染病之虞，衛生局亦已積極著手進行淹水戶調查將進行消毒水發放，以利民眾進行環境消毒工作。另提出以下呼籲，請民眾務必注意飲食及環境衛生，以保障您的健康並避免傳染病的威脅，：
　一、勿生飲、勿生食、飯前便後要洗手，避免飲用地下水
　二、清洗並消毒淹到水的地下室儲水池或屋頂蓄水塔
　三、用消毒藥水擦拭可能與食物接觸的地方，如桌面、廚房內的餐具架、冰箱及幼童玩耍的地方。
四、若出現發燒、皮膚出疹或腸胃道不適症狀，請立即就醫
淹水地區水退後，衛生局所立即分發消毒藥水提供災民進行居家消毒，請民眾依使用說明稀釋，若民眾購買市售漂白水則請依照以下方法進行稀釋後使用：
　一、廚房用具及餐具之消毒：餐具應以煮沸處理，不能煮沸者，用含氯200ppm（每十公升水加入市售家用漂白水約40cc）之水溶液浸泡三十分鐘。
　二、室內之消毒：地面、牆壁、廁所、浴室、廚房及臥室打掃乾淨後，以含500ppm（每十公升水加市售家用漂白水約100cc）之水溶液充分洗刷。
　三、庭院、水溝及其他潮溼處所，要在垃圾清除及打掃清潔後，再進行環境消毒，以含1,000ppm（每十公升水加市售家用漂白水約200cc）之水溶液加以噴灑消毒，噴灑時請注意保護眼睛及皮膚。

民眾若對使用方法仍有疑慮，可洽當地衛生所或衛生局諮詢。

另去年因莫拉克颱風來襲，民眾於清理家園時未做好防護措施，導致萬丹鄉民出現107例鉤端螺旋體群聚感染，衛生局在此呼籲民眾於清理戶內外環境時，需著手套、口罩、雨鞋等防護裝備，以避免感染災後易出現之傳染病。

目前亦為登革熱流行期，台南縣市、高雄市皆已有本土性病例傳出，且經調查病媒蚊指數均有偏高，此次豪雨過後造成戶外容器、屋頂陽台及地下室等處積水，以及大量增加的垃圾髒亂點，若未能即時處理，將會成為登革熱病媒蚊孳生的最佳環境，疫情恐一觸即發，衛生局籲請民眾立即清除戶內外的積水容器，並巡視頂樓陽台及地下室，如有出現積水，請儘速排除，保持乾燥，以避免孳生病媒蚊，造成登革熱流行。

另提醒轄內醫療院所若發現看診人數異常增加，請通知當地衛生單位進行相關疫情及疾病調查。